BKN är ett s.k. enrådighetsverk som leds av generaldirektören. Någon styrelse finns inte. Rapportering sker direkt till finansdepartementet som styr verksamheten med årliga regleringsbrev.
För vissa beslut om stöd till kommuner för omstrukturering av kommunala bostadbolag finns en särskild avtalsdelgation inrättad inom BKN. Avtalsdelegationen består av fyra ledamöter som utsetts av regeringen. Ordförande i delegationen är generaldirektören.